Université Antilles

Temps forts de l'UAG | Navigation principale | Actualités | Raccourcis thématiques

Espace pedagogiqueMon emailMon AgendaMon DossierPlus de services
françaisanglaisespagnol

Aide SGE

Le cluster ORCA est composé de deux groupes de noeud binairement imcompatibles.

Certain sont dotés de processeurs power5+ et les autres de processeurs Intel Xeon.

Par défaut les jobs sont soumis aux noeuds Power5+.

Affichage des noeuds du cluster

#qhost

 

Soumission d’un job

SGE est le gestionnaire utilisé pour soumettre un job aux noeuds du cluster ORCA.

Un job peut être soumis :

en batch avec la commande qsub

en interactif avec la commande qrsh

qsub et qrsh s’utilisent avec les même options, directement ou par l’intermédiaire d’un script.

Exemple de commande directe:

   #qrsh hostname

 

Exemple avec script:

Soit le script simple.sh

#!/bin/sh

#

#Envoi d'1 mail en fin et debut de job

#$ -M emailAdresse

#$ -m b,e

#Standart output et statndard error

#$ -o simple.out -j y

# affichage de la date et de l'heure

date

# sleep for 20

ssleep 20

# affichage de nouveau de la date et de l'heure

date

Soumission du script simple.sh à orca :

#qsub simple.sh

 

Exigence des ressources

Avec l’option –l, lors de la soumission d’un job certaines exigences concernant les ressources peuvent être précisées :

qconf –sc donne la liste de toutes les options possible.

 

Soumission du script simple.sh à un noeud Intel Xeon

#qsub –l arch=lx24-amd64 simple.sh

 

Connexion à un noeud Intel Xeon

#qrsh –l arch=lx24-amd64

 

Connexion à un noeud power5+

#qrsh –l arch=lx26-ppc

Soumission du script simple.sh à un noeud Intel Xeon

#qsub –l arch=lx24-amd64 simple.sh

 

Soumission du script script.sh en précisant la taille mémoire nécessaire

#qsub –l mem_total=10G script.sh

 

Soumission sur les noeuds blade uniquement

#qsub –l blade simple.sh

 

Soumission sur les noeuds power5  uniquement

#qsub –l blade=0 simple.sh

 

Dans un script

#$ -l mem_total=10G

 

Variables d’environnement

Lors de l’exécution d’un job, un certain nombre de variables sont préréglées dans son environnement.

$NHOSTS : Nombre d’hôte en cour d’utilisation par un job parallèle.

$HOSTNAME : Nom de l’hôte d’exécution.

$NSLOTS : Nombre d’emplacement de file d’attente en cours d’utilisation par un job parallèle.

$TMPDIR : Chemin absolu au répertoire de travail  temporaire du job.

 

Environnement parallèle

SGE fourni les moyens d’exécuter des jobs parallèles utilisant des environnement à passage de message comme mpi ou à mémoire partagée comme openmp.

L’option utilisée est dans ce cas –pe.

En ligne          :  qsub –pe

Dans un script : #$ -pe

Exemple en ligne:

#qrsh -pe mpi 8 -l mem_total=10G cat \$TMPDIR/machines

 

Exemple avec un script:

 

Soit le script parallele.sh

#!/bin/bash

# bash à utiliser

#$ -S /bin/bash

# Nom de la tache

# -N NESTOR

# Utiliser les variable d'environnement

#$ -V

# Nombre de processeur à utiliser

#$ -pe mpi 8

# lancement du programme

mpirun -np $NSLOTS -machinefile $TMPDIR/machines ./monprogramme

 

Soumission

#qsub parallele.sh

 

Affichage des informations relatives aux jobs qui ont étés soumis

#qstat

 

Suppression d’un job

#qdel   job_id